Sunday, September 30, 2007

Intsektu-bakeria hibridoak


Dibulgaziozko hedabideetan genoma, ia beti, instrukzio sorta estatiko bezala azaldu izan da. Zenbaitetan, adibidez, entziklopedia erabili izan da genomaren simil bezala (hortik dator agian transgenikoek sortzen duten ikara). Baina ikuspegi hau intuitibo bezain okerra da.

Genoma (baita gu H. sapiens-ona ere) dinamikoa da oso, etengabeko aldaketa eta berregituraketa jasaten duena. Intsektu batzuk marka hautsi dute baina, bere genoman bakteria baten genoma oso osorik bereganatzean.

Wolbachia pipientis bakeria parasitoa da, intsektuen artean arrakasta izugarria duena. Izan ere, bakteria honek intsekuen % 20a infektazen du. Parasito hau emeen ugal zeluletan dago, eta ondorioz, amaren bitartez pasatzen da hurrengo belaunaldira. Parasitoaren ADN-ak emearen ugal zelula baten genomarekin bat egin omen zuen behin (gutxienez), eta hortik aurrera belaunaldiz belaunaldi intsekuen genomaren parte bihurtu da.

Ez da animali baten genoman bakteria geneak topatzen diren lehenengo aldia, baina orain arte kontaminaziotzat hartuak izan dira. Kontaminazioa baztertzeko, ikerlariek intsektuen larba desinfektatuak erabili zituzten. Honela, ozpinaren euliaren hainbat barietadetan Wolbachia bakteriaren genoma osoa dagoela baieztatu ahal izan zuten.

Baina geneak hor egoteak ez du esan nahi funtzioa edukitzeko beharrezkoa den ADN->ARN->proteina bidea osatzen dutenik. Lehenengo ikerketek erakusten dutenez, intsektuen genoman topatutuko Wolbachiaren geneen %2-a behintzat ARN bezala transkribatzen da. Intsektuareu fisiologian funtziorik betetzen ote duten ikustear dago.

Genoma transferentzia hau intsektuetara mugatzen da? Oraindik ez dakigu. Badakiguna zera da, giza genoma sekuentziatu zenean kontaminaziotzat hartutako hainbat bakteria sekuentzia agertu zirela. Birusen sekuentziak aspalditik dira ezagunak giza genoman (HERV, Human Endogenous RetroVirus deitutakoak), baina birus askok bizi zikloaren puntu batean gure genoman integratu behar dute nahitanahiez (ezpainetako herpes virusak adibidez gure bizi osorako sartzen zaigu gure genoman).

Jakina da HERV batzuen proteinek funtzio garruntzitsuak dituztela gizakion fisiologian (embrioiaren inplantazioan, adibidez). Ez litzateke hain harrigarria ere gure eboluzioan bakteria baten genoma geureganatzea eta denborarekin gene hoiek funtzio ezberdinetarako erabili izana. Izan ere aspaldi, oso aspaldi, orain gure mitokondriak direnak bakteria askeak ziren. Eta orain, aspaldi bakteria hoien geneak zirenak, gaur egun gure genoman daude. Azken finean gu guztiok transgenikoak gara.

Oharra: Berria lehendabiziko aldiz Science aldizkarian izan zen argitaratua, nik Natur-en irakurri nuen arren. Bai Science, baita Natur aldizkariek ere ordaintzera behartzen dute berria irakurri ahal izateko. Zientziaren eta orohar informazioaren mugimendu askearen aldeko naizenez, ez dut bi aldizkari hauen estekarik jarriko. Bai ordea New Scientist-ena, berria debalde eskeintzen duena, hementxe.

Monday, September 03, 2007

Estandarren guda sekretua


Oharkaben hartu ninduten Microsoften Open OficeXML (OOXML) formatuaren estandarizazioaren inguruko garabeherek. Niretzako ordurarte esistitzen ere ez zen prozesu batean estaliko borroka eta estrategia zikinak topatu nituen arte. Izan era egunotan, bere garaian bulegorako suite irekia den Openoffice.org-k erabiltzen duen "odf" formatuarekin egin zen bezala, Microsoftek bultzatutako Open OficeXML formatuaren estandarizazioa eztabaidagai eta bozkagai dago.

Estandarizazioa zer den? Estandarizazioaren prozesua ISO erakundearen onarpenean besterik ez datza. Kalitatearen ISO 9001 famatuaz gain hainbat gauza estandarizatzen dituen erakundea. Prozesu honen bitartez industriak erabiliko zituen arau amankomunak eratuz. Arau edo estandar hauek onartzeko herri ezberdinek, beti ere bertako erakunde adituearen bitartez, baiezko edo ezezkorako bozka emanez. Botuen 2/3 behar dira estandarizazioa onartzeko.

Zer da Open OficeXML (OOXML)? XML-n oinarritutako fitxategi mota bat da, testu, kalkulu orri eta abarreko dokumentu elektronikoetarako. Laburtuz orain arte Microsoft Ofice-k erabili izan duen formatuaren ondorengoa. Microsoft Office 2007-k jada erabiltzen duen formatua hain zuzen. Openoffice.org alternatiba askea eta irekiak aldiz Open Document (odf) formatua erabiltzen du, XML-n ere oinarritua, baina dagoeneko, 2006ko abenduaren 30-a ezgeroztik estandarra dena.

Arrazoi ezberdinak direla eta (guztiz irekia ez izatea eta benetan estandarra ez izatearena besteak beste) zenbait talde mobilizatu egin dira OOXML-ren estandarizazioaren onarpenaren aurka, openxml.info eta nooxml.org adibidez. Horretarako sinadurak ere eskatuz.

Bitartean bozkapenak aurrera doaz eta lehenengo emaitzak argitaratu dituzte. Adibide gisa Frantziak eta Erresuma Batuak ezezkoa eman duten bitartean, Alemaniak eta Portugalek baiezkoa eman dute hemen Europan (Estatu Batuek ere baietzka eman dute, noski) eta Italia zein Espainia abstenitu egin dira. Larriena bozka hauen atzean aditzen diren irregulartasun hotsak, Hainbat herritan Microsoften joku zikina salatuz, hoien artean Espainia.

Oraindik behin betiko onarpenerako prozesu luzea geratzen bada ere, gauzak dauden bezala eta Microsoften ustezko ("ustezko" azpimarratu behar dut, gauzak beti kontu haundiz hartu behar direlako) estrategia ikusita, zaila dirudi etorkizunean OOXML estandarra ez izatea.

Inor gutxik ezagutzen duen prozesua baina etorkizun hurbilean gu guztiongan eragina izango duena, "demokraziaz" jantzia baina barnean joku zikinak usteldua. Bai ederra bizitza.

Galdera bota nahi nizueke: ISO erakundearen funtzionamendua ikusita, eta batez ere estandarizazioaren prozesua ikusita, ze fidagarritasun dute kalitaterako ISO 9001 eta, zeharka bada ere, gugan hain eragin haundia duten gainontzeko ISO famatuek?

Eguneraketa, Izardata 20070904: Nire predikzio ahalmen izugarria baieztatuz hainbat blogetan ( error500, barrapunto.com besteak beste) bai eta Iso erakundearen webean bertan ere irakurri daitekeenez OOXML-ren estandarizazioa atzera botata izan da. Datorren urtean bigarren txanpa izango da, baina oraingoan ez dut aurrikuspenik egingo, hori behintzat ikasi dut.

Eguneraketa, Izardata 20070909: Barrapunton irakurri dudanez, EFFI (Electronic Frontier Finland) erakundeak (elektronikaren inguruko gaietarako Finlandiarren babeserako erakundea) gai honen inguruko lana aurkeztu du. Azterketa horretan Microsoften OOMX formatuaren aldeko bozkaren eta korrupzio mailaren (korrupzioaren pertzepzioa neurtzeko CPI indizearen arabera) arteko erlazio estadistikoki signifikatiboa topatu dute. Hau da, herri jakin bateko korrupzioa geroz eta haundiagoa, orduan eta probabilitate gehiagoz bozkatuko du OOXML-aren alde. Lan honek ez du kausa-efekturik frogatzen, baina bitxia da ezta?